バトルスピリッツ　効果による破壊時のＢＰ

質問の例ですが…。

Lv1ワン・ケンゴーの元々のBPは2000ですが、自身のバーストがセットされているので、Lv3として扱われ元々のBPも6000になっています。
この状態で相手の覇王爆炎撃が発動し、BP4000以下のスピリットを破壊する効果が発動します。
ワン・ケンゴーはLv3として扱われBP6000の状態で場に存在しているので、覇王爆炎撃の効果範囲には入らず、破壊を免れます。

キジ・トリアも同様に自身のバーストがセットされている間は、自分スピリットすべてをBP+2000します。
キジ・トリア自身もこの効果の影響で元々のBP3000＋2000でBP5000となっているため、覇王爆炎撃の効果範囲には入りません。

このように「基本的」には元々のBPと上昇したBPの合計の数値を参照します。
そのうえで効果の範囲に入るか否かが判定され、効果が解決されます。
なぜ「基本的」かというと、アタックステップ中のマジックの効果、カードの効果の解決の仕方によるからです。
例えば、アタック時に「BP3000以下のスピリットを破壊する」効果を持つスピリットでアタックした場合、そのアタックに合わせ「BPを＋2000する」マジックを使いBPを4000にアップすれば、そのスピリットはカードの効果では破壊されません。
バトルステップではカードの持つ効果よりも先にマジックの効果が発動されますので、このような結果になります。

これがマジックではなく、効果だった場合はというと…。
アタック時に「BP3000以下のスピリットを破壊する」効果を持つスピリットでアタックした時、相手の場に、ブロック時に「BP+2000」するBP2000のスピリットがいたとします。
この場合は、相手のブロック宣言の前に攻撃側が効果を解決する権利がありますので、相手のブロック宣言の前にスピリットを破壊することができます。
最後の質問については、このようになりますね。

では、「BP3000以下のスピリットを破壊する」が「BP3000以下のスピリットを破壊できる」だった場合はどうでしょう。
アタック側は「アタック時、BP3000以下のスピリットを破壊できる」BP3000のスピリットでアタックしましたが、効果は発動させませんでした。
ブロック側は「ブロック時、BP+2000する」BP2000のスピリットでのブロックを宣言しました。
ブロックスピリットは、その効果により合計BPが4000になります。
このままでは自分のスピリットが破壊されてしまうので、アタック側は慌てて効果の使用を宣言しましたが、それは後の祭り。
アタック時効果を発動しないことは、ブロック宣言の前に既に解決されているため、ここで改めて効果を発動する事はできません。
BP3000のアタックスピリットはBPが4000にアップしたブロックスピリットに破壊されます。

ざっくりと書きましたが、概ねこんな感じです。
マジックやカードの効果の解決の手順に関しては、ルールガイドや公式サイトでも解説していますし、何度もプレイすれば自然と流れが理解できるようになります。

以上、参考になれば幸いです。
長文、駄文ご容赦ください。